军民深度融合的过程也是拆除军地、军民各方利益壁垒，打破军队、军工集团、地方政府、民营企业几类主体自我封闭体系，构建开放式军民一体化战略体系的过程。这个过程必须拆除的壁垒聚焦于以下几方面：
破行政壁垒的实质就是：要打破军、民两个相对独立行政主体自成体系的思维定式，在强化顶层设计和政府引导的大前提下，弱化行政干预，发挥市场机制在资源配置和军民协同发展中的主导作用。避免低水平重复建设，打通军民资源相互转移转化路径，引导创新方向，提升军民融合协同体系的整体效益。2017年，国家层面成立了中央军民融合委员会，统领军委、科工局、发改委、工信部等协同部门，其核心就是要把各行政主体的主观意志和治理惯性统一到中央的决策层面上，树立军民融合一盘棋的大协同意识，促发军民融合战略体系的整体效能。
完善武器装备市场准入机制，拆除军工市场准入壁垒，最大可能地扩大参与主体，特别是拓宽民营高新技术企业军工准入渠道，是吸纳社会优势资源，提高武器装备采购质量和效率，推动军民深度融合的必然之举。于2017年实行的武器装备质量管理体系认证与武器装备承制单位资格审查两证合一，缩减武器装备科研生产许可目录以及健全竞争采购管理机制、完善军品市场定价机制等举措将彻底打破军工和民口界限，拆除市场壁垒，建立竞争长效机制，在军品科研生产能力分类管理的前提下，构建小核心、大协作、专业化、开放型武器装备科研生产体系。随着军工集团公司军品外部配套率、民口配套率纳入国防科技工业统计以及军工企业考核指标体系的进一步完善，军民融合市场壁垒的拆除效应将进一步显现。
军民“二元体制结构”的固有运行体系催生了军民技术壁垒，而技术融合是国防科技领域军民融合的重要支撑。“二元体制结构”下，军事装备技术标准和民用技术产品的生产标准各成体系，军事装备和民用产品的关注重点不同，导致两种标准对同一产品的标准要求差异较大。以“军民标准通用化工程”建设为抓手，拆除军民技术壁垒，构建开放共享的军民标准体系，建立标准化军民融合长效机制，对于提高军民融合标准体系技术水平、加快推动军民技术双向转移、促进国防科技工业转型升级、推进军民融合深度发展具有基础性、战略性支撑作用，是军民融合深度发展的有效融合途径。
拆除信息壁垒的重要途径是：以军民双方需求为牵引，在军地、军民之间搭建一个有效的对话平台，营造平等、自由的对话环境。
一方面利于参军民企真正了解军方的配套需求，开展有针对性的配套研发生产；
另一方面也利于军方切中军转民的需求要害，打通军用科技成果转化过程中的瓶颈环节。
屏蔽军民之间信息不对称、合作渠道不畅的固有壁垒，使军企、民企实现有效对接。在此基础上，强化信息共享交换平台的延展功能，以军民融合数据资源建设为抓手，加强信息资源顶层设计，以数据的深度挖掘和军民融合应用为推手促进军民融合全局性、体系性的大数据中心建设，使平台服务功能由拆除壁垒向提供智能化服务转变。
军民融合高技术产业前期投入、产业化运营及后期持续研发等全价值环节所需资金投入较大，对军工和民营企业来讲形成较高的资金壁垒。
社会资本的流动性和培育成熟的资本市场是拆除军民融合资金壁垒，广纳社会资源可持续参与军工高技术产业的先决条件。
搭建军民融合投融资平台，发展多元化产业链金融体系，拓展军民融合投融资渠道，是以融促产，汇聚社会资本共推军民融合深度发展的重要手段。
自2017年底国务院办公厅印发《关于推动国防科技工业军民融合深度发展的意见》，提出积极引入社会资本参与军工企业股份制改造以来，国家范围正着力于设立运营各级军民融合发展产业投资基金等，引导社会资本进入军民融合领域，股票、债券、金融衍生品等资本市场以及地方股权交易中心的平台融资作用正在日益渗透。军民融合重点产业投资周期长、资金需求壁垒高的难点正在加速破除。
打破军民融合各方利益壁垒，是当下迫在眉睫的国家系统工程，所涉各方领域应以国家意志为重，以战略发展为牵引，观大势，谋全局。